Lebih jauh lagi, kekaisaran Romawi cenderung mengarahkan penindasan mereka terhadap para uskup-uskup Gereja ketimbang orang-orang awam. Penguasa Romawi berasumsi bahwa kalau mereka menyiksa dan membunuh-bunuhi pemimpin Kristen di hadapan umum, maka hal itu akan menggentarkan umat Kristen dan mencerai-beraikan mereka. Kepandaian berbicara dan kecerdasannya St.Ignatius seperti tampak dalam surat-suratnya, boleh jadi telah membawa namanya termasyur jauh melebihi batas-batas wilayah keuskupannya. Penguasa Romawi tampaknya telah menemukan dalam diri Uskup ini, korban yang ideal bagi tujuan mereka.
Sang Uskup sendiri adalah seorang korban yang rela mati. Keinginannya untuk mati demi Kristus adalah topik yang berulang kali muncul dalam surat-suratnya. Dia mendesak umat Kristen di Roma, misalnya, untuk tidak menengahi urusannya kepada kaisar Romawi: "Aku memohon kepadamu untuk tidak menunjukkan itikad baik yang tidak perlu kepadaku. Biarlah aku menjadi makanan bagi binatang-binatang buas, agar melaluinya aku boleh sampai kepada Allah."
Dia ditangkap dan diinterogasi di Antiokia. Menurut legenda yang kurang dapat dipastikan, pemeriksaan dilakukan oleh Kaisar Trajan sendiri. Setelah dijatuhi hukuman mati, seperti yang dialami oleh Rasul Paulus sebelumnya, dia dipindahkan dibawah pengawalan militer ke tempat eksekusinya di Roma.
Di tempat-tempat perhentian sepanjang perjalanan, dia menerima kunjungan umat dari gereja-gereja disekitarnya. Justru karena sebentar lagi menjadi martir iman, malahan makin membuatnya terkenal dan sangat dihormati, dan karavannya menjadi sasaran ziarah umat Kristen. Bahkan para uskup-uskup lainpun melakukan perjalanan untuk menemuinya.
Hukuman mati malah menaikan pamor St.Ignatius dimata Gereja Universal. Selama dua perhentian panjang di Smyrna dan Troas (keduanya ada di wilayah Turki masa kini), dia mengarang enam surat kepada gereja-gereja di Asio Minor dan Eropa: Efesus, Magnesia, Troas, Roma, Filadelfia, dan Smyrna. Surat yang ketujuh adalah pesan pribadi kepada St.Polycarpus - Uskup Smyrna. Surat-surat yang ditulisnya bersifat pastoral, berisi doktrin-doktrin, dan memberi semangat. St.Ignatius memberikan kesaksiannya tentang pengajaran Kristen perdana menyangkut: perkawinan, Trinitas, Inkarnasi, Kehadiran Sejati Yesus dalam Ekaristi, primasi Gereja di Roma, dan otoritas para imam dan uskup. Dia sangat khawatir terhadap berkembangnya ajaran bidaah, terutama docetisme, dan juga umat Kristen yang lambat-laun cenderung menekankan praktek-praktek Yahudi.
Sebagai seorang guru yang hebat, St.Ignatius dapat merangkumkan kebenaran-kebenaran iman yang mendalam dengan gambaran-gambaran yang jelas. Dia juga adalah seorang mahaguru dalam hal menyarikan syahadat iman atau kredo secara ringkas.
St.Ignatius tiba di Roma, menurut cerita, pada hari terakhir tontonan di arena, mungkin pada tahun 107. Dia digiring ke dalam amfiteater, dimana tubuhnya dicabik-cabik oleh singa. Segera setelah kematiannya, surat-suratnya dihormati dimana-mana, dan bahkan dianggap sebagai kanonikal Kitab Suci oleh beberapa gereja. St.Polycarpus bersaksi, dalam suratnya sendiri, "Surat kepada umat di Filipi", bahwa surat-surat St.Ignatius sangat diinginkan dimana-mana di seluruh Gereja bahkan sebelum St.Ignatius menjadi martir.
Surat St.Ignatius kepada umat di Smyrna adalah suatu catatan sejarah yang penting dari ajaran Gereja perdana menyangkut Ekaristi, jabatan imam, dan hirarki Gereja. Juga mencatat penggunaan yang paling awal dari istilah "Gereja Katolik" untuk menggambarkan himpunan umat Kristen secara keseluruhan. Sang Uskup khawatir terutama pada dampak yang serious dari bidaah docetisme, yang mengajarkan bahwa Yesus bukan manusia sesungguhnya dan bahwa dia hanya tampaknya saja mempunyai tubuh, untuk menderita dan wafat. Berikut cuplikan tulisannya tersebut:
....Sekarang, Kristus menderita segala hal ini demi kamu, supaya kita bisa diselamatkan. Dan dia sungguh-sungguh menderita, dan Dia juga sungguh-sungguh membangkitkan diri-Nya sendiri, tidak seperti pendapat orang-orang yang tidak percaya, bahwa Dia hanya tampaknya saja menderita, seperti layaknya mereka hanya tampaknya saja sebagai umat Kristen. Sama seperti kepercayaan mereka, demikian juga yang akan terjadi pada mereka, ketika mereka terpisah dari raganya, dan semata-mata menjadi roh jahat.
Karena aku tahu bahwa setelah Kebangkitan-Nya juga, Dia masih memiliki daging, dan aku percaya bahwa Dia memiliki jasad sekarang. Ketika misalnya, Dia datang kepada mereka yang berada bersama-sama Petrus, Dia berkata kepada mereka, "Rabalah Aku dan lihatlah, karena hantu tidak ada daging dan tulangnya" (Luk 24:39). Dan segera mereka menyentuh-Nya dan percaya, diyakinkan oleh daging dan roh-Nya. Karena alasan ini, mereka meremehkan kematian dan
mengalahkannya. Dan setelah kebangkitan-Nya Dia makan dan minum bersama mereka karena berdaging, meskipun secara spiritual Dia menjadi satu dengan Bapa.
Aku memberikan kamu pengajaran-pengajaran ini, yang terkasih, yakinlah bahwa kamu memegang pendapat-pendapat yang sama denganku. Aku mengawal kamu dari binatang-binatang buas itu dalam rupa manusia, yang tidak boleh kamu terima, dan jika mungkin, bahkan jangan sampai bertemu dengannya. Meski demikian, kamu harus berdoa kepada Allah bagi mereka, karena mereka mungkin menyesali perbuatannya. Hal itu sulit, tetapi Yesus Kristus, yang adalah hidup kita yang sejati, memiliki kuasa untuk mencapainya.....
Sementara orang menyangkal-Nya dengan acuh tak acuh...tidak mengakui bahwa Dia sungguh-sungguh memiliki jasad. Tetapi barangsiapa tidak mengakui hal ini, praktisnya menyangkal Dia seluruhnya, terselimuti oleh kematian..... Orang-orang seperti itu sesungguhnya tidak percaya.
Mereka absen dari Ekaristi dan dari doa, karena mereka tidak mengakui bahwa Ekaristi adalah Tubuh dari Juru Selamat kita Yesus Kristus, yang telah menderita bagi dosa-dosa kita, dan yang mana Bapa, oleh kebaikan-Nya, membangkitkan-Nya kembali. Oleh karena itu, mereka yang berbicara menentang karunia Allah ini, mendapat upah kematian ditengah-tengah pertentangan mereka.
Perhatikanlah supaya kamu semua mengikuti bapa uskup, seperti Yesus Kristus mengikuti Bapa, dan mengikuti para imam, seperti kamu mengikuti para rasul. Hormatilah para deakon sebagai mereka yang membawa tugas dari Allah. Jangan ada seorangpun melakukan sesuatu sehubungan dengan Gereja tanpa bapa uskup. Supaya diperhatikan, suatu Ekaristi yang sebagaimana mestinya, yang dilayani entah oleh uskup atau oleh salah satu orang yang telah dipercayakan olehnya. Dimana uskup berada, maka disana pula umat berada, sama seperti dimana ada Yesus Kristus, maka disana juga ada Gereja Katolik. Tidak sah juga untuk membaptis atau merayakan suatu perayaan-kasih tanpa uskup; tetapi apapun yang disahkan olehnya, yang juga menyenangkan bagi Allah, supaya segala hal yang dilakukan menjadi aman dan sah adanya.
Kepada umat di Roma, St.Ignatius menyatakan keinginannya yang mendalam untuk mati sebagai martir, seorang saksi bagi iman Kristen. Bagi umat Kristen, tidak ada kemuliaan yang lebih besar, untuk meniru Yesus Kristus daripada wafat seperti Dia telah wafat. Dalam surat ini, St.Ignatius mengindentifikasi dirinya sebagai roti bagi kurban ekaristi. Rasa sungkannya terhadap Gereja Roma, suatu rasa sungkan yang tidak ditunjukkannya kepada gereja-gereja manapun lainnya, adalah suatu bukti dini dari primasi (keutamaan) Tahta Roma.
St.Ignatius, adalah salah satu dari Bapa Apostolik.